埋没をすでに数回していて、両目合計16本位あると思います。その場合、抜糸をしてまたやり直すなら、切開するべきですか？抜糸をしたら結局瞼に傷をつけることになりそうで、どうせ表面を切るなら、切開とあまりかわりませんか？

小さな針孔からすべての糸を取り除くことは大変困難な手術になると思います。
また切開を行ってもすべて除去できるかどうかわかりませんが、切開法の方が糸をより多く取り除くことが期待される手術になります。